Jeśli użytkownik spróbuje użyć aplikacji, która nie jest dostępna w Sklepie Windows, zobaczy przypomnienie, iż aplikacje w Windows 10 S muszą pochodzić ze sklepu Windows. W niektórych przypadkach może również zobaczyć propozycję kategorii podobnej aplikacji lub konkretną aplikację, która jest już dostępna w Sklepie Windows. Uwaga! Niektóre narzędzia deweloperskie mogą nie być obsługiwane w Windows 10 S oraz niewielka ilość aplikacji, w których znane są problemy ze zgodnością, będą posiadały komunikat o problemach na stronie aplikacji w Sklepie Windows. Ostatecznie jeśli chcesz pobrać aplikację, która nie znajduje sięw Sklepie Windows lub ma problemy ze zgodnością, można zdecydować sie na przejście z systemu Windows 10 S do systemu Windows 10 Pro.