Windows 10 S werkt uitsluitend met compatibele apps uit de Windows Store. De overgrote meerderheid van apps beschikbaar in de Windows Store werkt op Windows 10 S op dezelfde manier als ze werken op Windows 10 Pro en Windows 10 Home. Let erop dat sommige ontwikkeltools niet ondersteund worden voor Windows 10 S en een klein aantal apps met bekende compatibiliteitsproblemen melden deze problemen op de pagina met productgegevens van de app in de Windows Store.
Veel hardware accessoires en randapparatuur (zoals printers) die met Windows 10 werken, werken ook met Windows 10 S, maar bieden mogelijk beperkte functionaliteit. This Microsoft® pagina heeft wat extra details over Microsoft hardware accessoires, alsmede links naar derden die informatie over compatibiliteit kunnen delen voor met behulp van hun accessoires met Windows 10 S. Als u geen informatie over een specifiek model kunt vinden, neem dan direct contact op met de fabrikant van uw accessoire.