Jika Anda mencoba menggunakan aplikasi yang tidak tersedia di Windows Store, Anda akan melihat pengingat bahwa aplikasi yang digunakan dengan Windows 10 S harus berasal dari Windows Store. Dalam beberapa kasus, Anda mungkin juga akan melihat saran untuk kategori aplikasi serupa atau aplikasi tertentu yang sudah tersedia di Windows Store. Perhatikan bahwa beberapa alat pengembang tidak akan didukung untuk digunakan di Windows 10 S dan sejumlah kecil aplikasi dengan masalah kompatibilitas yang diketahui akan memiliki pemberitahuan tentang masalah tersebut yang disertakan dalam halaman detail produk aplikasi di Windows Store. Pada akhirnya, jika Anda ingin mengunduh aplikasi yang tidak ada di Windows Store atau memiliki masalah kompatibilitas, Anda dapat memilih untuk beralih dari konfigurasi Windows 10 S ke Windows 10 Pro.