Windows 10 S používá výhradně aplikace z Windows Store. Většina těchto aplikací bude fungovat na Windows 10 S stejným způsobem, jakým funguje na systémech Windows 10 Pro a Windows 10 Home. Některé vývojařské nástroje nejsou v systému Windows 10 S podporovány a malý počet aplikací může mít problémy s kompatibilitou. Upozornění na tyto případné problémy bude uvedeno v informacích o dané aplikaci ve Windows Store.
Mnoho příslušenství a periferních zařízení (například tiskárny), které fungují s Windows 10, bude fungovat i na Windows 10 S, jejich fukčnost však může být omezená. Tato stranka Microsoftu® obsahuje podrobnější informace o hardwarovém příslušenství společnosti Microsoft, jakož i odkazy na stránky třetích stran, kde mohou výrobci příslušenství sdílet informace o kompatibilitě s Windows 10 S. Pokud zde nenajdete informace o určitém modelu, obraťte se přímo na výrobce daného hardwaru.