Při snaze o instalaci programu nepocházejícího z Windows Store se zobrazí upozornění, že pouze apliakce z Windows Store lze používat na Windows 10 S. Windows Store Vám může sám nabídnout alternativní aplikace, které můžete stáhnout a použít. Některé vývojářské nástroje nebudou na Windows 10 S podporovány, může se objevit menší počet aplikací, které budou mít problémy s kompatibilitou. Případné upozornění na takové problémy bude vždy uvedeno v informacích o dané aplikaci ve Windows Store. Pokud chcete používat aplikaci, která má problémy s kompatibilitou, nebo není k dispozici ve Windows Store, můžete změnit konfiguraci systému z Windows 10 S na Windows 10 Pro.
